De Malaguti F12 is geleverd met diverse motortypes. 
In de loop van de jaren is er veel techniek veranderd.
Aan het begin van de loopbaan van deze scooter is deze uitgevoerd geweest met het Minarelli motorblok.
Zowel als lucht als watergekoeld. 
in 2004 is er overgestapt naar een Morini motorblok. Dit was bij de liefhebbers een stuk minder geliefd als de makkelijk op te voeren Minarelli motorblokken. 
In de late periode van de scooter is deze ook nog geleverd geweest met Piaggio motoren. 

De F12 is geleverd vanaf 1996 tot aan het einde van de productie van Malaguti in 2011.